严重的便秘常使肠管闭塞不通，导致肠阻塞。便秘时间愈久，治疗愈困难，严重的可发生自体中毒或继发其他疾病而使病情恶化。对奶牛便秘症状的鉴别诊断在兽医临床诊断过程中具备极其重大意义。
各种因素使胃肠运动减弱时，胃肠内容物停滞时间延长，由于增加了吸收液体的时间，粪便干硬而量少，引起便秘。便秘发生问题大多包括以下几点。
长期饲喂单纯的粉状饲料就会引起便秘。此外，粗纤维具有亲水性，能在肠道内保持水分，从而避免粪便过于干燥。此外，结肠细菌的纤维素酶部分地消化纤维素、半纤维素，形成有轻微导泻作用的挥发性脂肪酸;纤维素还可保留一部分胆酸盐于结肠内，使胆酸衍化为脱氧胆酸，影响结肠的水与电解质吸收，使粪便软化。另一方面，经常喂给大量难于消化的粗饲料，这些粗纤维刺激胃肠道感受器，初期可使胃肠蠕动的兴奋性增高，而当刺激因子持久存在时，兴奋性随之减弱，使肠内粪便滞留。
充足的饮水量是保障家畜正常消化的必要条件。饮水不足时，消化液分泌减少，胃肠蠕动减弱，食物在胃肠内得不到充分消化，就逐渐停滞而发生便秘。经常给予含泥沙的饮水亦可造成便秘。
急性卡他或慢性卡他时，由于消化液分泌减少或胃肠蠕动减慢，排便迟滞，粪球干小，表面附有黏液。慢性肠卡他时，当肠机能处于兴奋性减弱状态，也会发生便秘。胃扩张、小肠积食、大肠阻塞、瓣胃阻塞、真胃阻塞、结肠阻塞以及肠变位等，病变前部的胃肠内容物不能后送，胃肠蠕动减弱，出现排粪减少，粪便干硬等现象。
含鞣质的物质（鞣酸、鞣酸蛋白、青杠叶中毒等）、铋制剂（次硝酸铋等），阿托品类药物中毒，这些具有收敛作用和能阻断节后胆碱能神经所支配的效应器中乙酰胆碱受体的物质，均可引起肠蠕动弛缓而发生便秘。
排粪动作受盆神经、神经及腹下神经支配，由压力的机械刺激使感受器将冲动传至脊髓腰荐段的低级排粪中枢，再传入中枢神经系统的高级中枢，最后由中枢发出冲动经盆神经传至大肠后段和肛门括约肌，引起排粪，在腰荐受损如腰荐椎挫伤引起的后躯麻痹，常可造成顽固性的直肠便秘。排粪动力主要是依靠腹肌、膈肌、盆底肌肉、提肛肌及肠平滑肌。如果各有关肌肉衰弱而使排粪动力不足或缺乏，便可引起便秘。常见的原因有老龄、衰弱、消耗性疾病、恶病质、过度肥胖等因素，大量腹水、腹内肿瘤引起腹肌衰弱、膈神经麻痹、慢性肺气肿等因素和运动不足。
具有便秘症状的疾病较多，诊断时主要是根据问诊与临床检查，特别是观察排粪及粪便情况，即可进行类症鉴别，必要时进行直肠检查和药物性诊断，有助于确诊。
肠蠕动音减弱或停止，排粪次数减少或停止排粪，粪块干燥硬固，表面多呈黑褐色，严重便秘常引起腹痛和发热。长时间便秘，由于自体中毒引起沉郁、厌食、虚弱和心功能不全。根据上述伴随症状的出现，能判断便秘的维持的时间和严重程度。
口腔变化：便秘时，口腔干燥，口色正常或稍红，有薄层灰白或灰黄色舌苔，口腔有甘臭或稍有腐败臭。牙齿磨灭不整，硬颚往往肿胀。
听诊：瘤胃蠕动次数减少，每次蠕动维持的时间变短，蠕动音减弱。瓣胃及真胃音消失。肠音减弱，有时可听到金属音。心音和肺音一般无变化。
排粪情况及粪便观察：排粪时费劲，排出的粪便稍干，粪表面发黑，呈小饼状或算盘珠状。病重时不排粪，如真胃阻塞时，可持续十几天不排粪。直肠麻痹时，直肠内蓄积多量粪便，常需将手伸入直肠掏取。
直肠检查：通过直检，可判断是单纯性便秘还是由胃肠道阻塞所继发的便秘。原发性便秘系指直肠及结肠中有多量的粪便蓄积。直检还可判定腹腔有无肿瘤以及腰荐脊椎有无损伤。
药物性诊断：原发性便秘，给予胃肠（如皮下注射少量毛果芸香碱等），排粪情况即可改善，如系胃肠阻塞，则用药后腹痛加剧，病情不一定减轻。
奶牛前胃弛缓的初期呈现便秘症状，而后期呈现腹泻，或便秘和腹泻交替发生。根据病史如饲料单纯以及过劳等，临床症状如食欲大减，反刍减少或停止，有间歇性膨胀，触诊瘤胃松软、内容物减少、病程长等特点，不难做出诊断。
青杠树叶中含大量鞣酸，在胃内变成简单的酚类化合物而使奶牛中毒，排粪干、小如算盘珠状。常发生在春夏之交，并有一定的地区性，根据病史与症状确诊。
由于某些药物的过量使用（如多次给予大量的颠茄酊、复方樟脑酊、阿托品等）而致的便秘，主要应根据病史调查来确诊。
病牛轻者后躯摇摆，运步不灵活，重者卧地，后躯麻痹，粪便蓄积在直肠内不易排出，但粪便的硬度接近正常，仅因停滞时间比较久而颜色稍黑。
阻塞初期，肠道中的粪便还可排出，但粪球干小，当阻塞时间稍长，后部肠道空虚，即不见排粪。应根据病史、症状、瓣胃及真胃的触诊来做出诊断。
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